植物單細胞轉錄組的春天來了，還不上車？Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一個

植物單細胞轉錄組的春天來了，還等什么？Science, Plant Cell, Plant Physiology, Molecular plant, bioRxiv各一個。上海生科院王佳偉老師課題組貢獻國內第一篇單細胞轉錄組。另外4篇，有一半也有中國人參與。

2018年8月29 擬南芥根4000個單細胞

題目：High-throughput single-cell transcriptome profiling of plant cell types

雜志：Biorxiv

作者：Christine N. Shulse, Benjamin J. Cole, Gina M. Turco, Yiwen Zhu, Siobhan M. Brady, View ORCID ProfileDiane E. Dickel

單位：勞倫斯伯克利國家實驗室

鏈接：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/08/29/402966.full.pdf

概述：采用Drop-seq技術繪制了擬南芥根中>4000個細胞，揭示內皮發育過程中基因的表達變化。

2019年2月4日 擬南芥根7552個單細胞

題目：Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells

雜志：Plant physiology

作者：Kook Hui Ryu, Ling Huang, Hyun Min Kang, John Schiefelbein

單位：美國密歇根大學

鏈接：http://www.plantphysiol.org/content/179/4/1444

概述：采用10X Genomics公司單細胞測序平臺獲得了擬南芥根尖組織10000個細胞，其中7552個野生型單細胞轉錄組數據（包含3個生物學重復），鑒定了根毛和非根毛細胞的發育軌跡；兩個突變體的3000個左右細胞，從單細胞水平鑒定rhd6和gl2突變表皮細胞中可以同時表達根毛細胞基因和非根毛細胞基因。

2019年4月5日 玉米144個生殖細胞

題目：Defining the developmental program leading to meiosis in maize

雜志：Science

作者：Brad Nelms, Virginia Walbot

單位：斯坦福大學

鏈接：https://science.sciencemag.org/content/364/6435/52?iss=6435

概述：發現減數分裂前基因表達平穩，細線期后出現兩步轉錄組重構，其中26.7%的轉錄本發生了兩倍或更多的豐富變化。對細胞周期基因表達的分析表明，幾乎所有的胚前細胞都會增殖，從而消除了產生減數分裂細胞的干細胞模型。

2019年3月28 擬南芥根3121單細胞

題目：Dynamics of gene expression in single root cells of A. thaliana

雜志：Plant Cell

作者：Ken Jean-Baptiste, José L McFaline-Figueroa, Cristina M Alexandre, Michael W Dorrity, Lauren Saunders, Kerry L Bubb, Cole Trapnell, Stanley Fields, Christine Queitsch, Josh Cuperus

單位： University of Washington

鏈接：http://www.plantcell.org/content/early/2019/04/17/tpc.18.00785

概述： 采用Monocle 3重構了根的單細胞發育軌跡，識別出細胞類型特異性表達的基因和發育過程中的轉錄因子調控模式。同時做了熱激處理下細胞反應的異質性。

2019年4月17 擬南芥根7695單細胞

題目：A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root

雜志：Molecular Plant

作者：Tian-Qi Zhang，Zhou-Geng Xu， Guan-Dong Shang， Jia-Wei Wang

單位：上海生科院

鏈接：https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(19)30133-9#

概述：國內第一篇植物單細胞轉錄組文章，鑒定了24個細胞簇和相應的Marker基因，并且發現每個根細胞簇展現了不同的離子吸收和激素響應模式。同時提供了一個網站 http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/ 方便數據集的再次使用。

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單細胞系列教程

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群體轉錄組是我們最常接觸到的一種高通量測序數據類型，其實驗方法成熟，花費較低，分析思路簡潔清晰，是入門生信，解決最常見問題的首選。

單細胞分析是近幾年的明星技術，多次被Nature、Science評為年度技術，而且幾乎每期CNS都有單細胞類文章發表，可見其炙手可熱。單細胞分析還在于其重要的科研價值，如細胞分型、鑒定腫瘤的異質性、分析稀有細胞等。更重要的是，單細胞實驗和分析技術還有不成熟的地方，這也是以后能取得大突破的地方。

本次課程與2019年5月10日-12日在北京鼓樓開班，將系統講述基于和不基于比對的轉錄組分析流程，從原始數據到表達矩陣、差異基因、富集分析、加權共表達網絡、通路分析、可視化繪圖等一系列常見操作，理論和實踐兼備。單細胞部分包括其建庫測序原理，不同單細胞技術的比較、優缺點，單細胞常用R包Seurat、Monocle、Scater的實戰等，而其他功能分析部分與群體轉錄組就比較相似了，可以糅合到一起。

課程大綱

每節課1小時一個主題，理論結合實戰，學懂原理，實戰實操，全是老司機多年經驗和代碼的無私分享。下面是課程安排，如11代表第一天第一節課，26代表第二天第六節課，41為兩周后的線上集中視頻答疑。

教程內容簡介如下：

轉錄組的應用、設計和案例分享

1. 轉錄組學研究技術介紹

2. 轉錄組學實驗設計和測序原則、注意事項

3. 二代、三代測序過程和原理解析

4. 轉錄組學文章案例分析

5. 在線基因表達資源數據庫

轉錄組分析流程實戰

1. 轉錄組分析流程評估

2. 測序數據質量評估和清洗

3. 不基于比對的差異基因分析

4. 基于比對的差異基因分析

5. 轉錄本組裝和選擇性剪接分析

6. 目標基因GSEA/GO富集分析

轉錄組高級分析

1. WGCNA基因共表達分析

2. WGCNA基因、表型關聯分析

3. Cytoscape 共表達網絡繪制

4. 轉錄組常見圖形在線繪制

5. KEGG/Reactome通路圖繪制，表達映射

6. 基因互作的文獻挖掘和數據庫挖掘展示

單細胞轉錄組分析

1. 單細胞數據預處理和校正

2. 細胞分型，PCA,TSNE, SC3聚類

3. 單細胞發育演化分析

4. 轉錄組常見圖形在線繪制

5. 單細胞Marker基因鑒定，差異分析和功能分析

6. 別人的電子書，你的電子書，都在bookdown中有一本不錯的單細胞分析教材

常見圖表解讀和圖形編輯排版

在培訓上，結合發表高水平文章，進一步講解16種常用分析圖的原理和使用范圍，讓你不僅讀懂圖，更知道如何應用于自己的研究，并親自輕松完成繪圖。

針對大家使用R語言繪圖學習時間成本較高的問題，易生信團隊針對常用16種圖開發了免費繪圖網站，一鍵出圖，更可鼠標點選參數修改圖形的個性樣式。

成果發表是科研過程中不可缺的一部分，發表成果又少不了圖形展示。文章圖表排版是否整齊規范、協調一致、重點突出對一篇文章的發表也是有不少貢獻的。之前推出的文章發表圖的修改和排版講演了部分圖形編輯和排版操作，本次培訓也會實踐從原始圖形、到細節修飾再到排版發表的整個過程和注意事項。

基因組瀏覽器用于多組學數據的可視化和關聯分析，本地有IGV，在線有UCSC genome Browser和Epigenomebrowser，各有特色。

生信基礎知識

1. Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

2. Linux/Windows下轉錄組分析流程的搭建

生物學家必要掌握的Shell和R語言基礎知識。

(如果基礎薄弱，報名付款成功后，可免費領取基礎程序課，做好準備工作, 讓程序成為我們的得力工具而不是學習新知識的絆腳石。)

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定制內容

如果您看到文章中有哪些圖或分析工作需要重現，也請提出，一起講述。

如果您有其它關注的問題，也請報名時提出，把這次課程變成您的定制講解。

1. 120分的轉錄組試題（第一份答案）

2. 120分的轉錄組試題（第二份答案）

3. 120分的轉錄組試題（第三份答案）

授課模式

本課程以講解流程和實際操作為主，采用獨創四段式教學，封裝好的代碼全部分享，隨處可用：

• 第一階段 3天集中授課；

• 第二階段 自行練習2周；

• 第三階段 在線直播答疑；

• 第四階段 培訓視頻繼續學習；

• 實現教-練-答-用四個環節的統一協調。

培訓時間

2019-5-10 到 2019-5-12 (線下講解實戰)

每天早9點到晚6點，半封閉式教學 (最后1小時為集中討論時間，最后一天會稍微提前一些，多留出時間討論，也方便老師乘車返回)

報到時間：開課當天

授課地點 （暫定，鼓樓附近）

北京市西城區鼓樓附近（鼓樓地鐵站周邊1公里）。

課程價格

1. 截止2019-05-03 4500 元/人 （報名官網查看更多優惠）

2. 名額有限，每次課程報名滿40人后自動關閉報名通道

3. 提供易漢博基因科技實習機會或工作機會

課程福利

1. 座位按報名并繳費或預付款成功順序從前到后龍擺尾式排序

2. 贈送程序基礎課一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

3. 多人（N）組團報名并同時繳費，每人還可減免N-1百元 (最高500)

4. 贈送金士頓U盤一個（32G含培訓數據和腳本）

5. 附推薦語分享該招生信息到朋友圈，截圖發到train@ehbio.com 可獲200元騰訊優惠券

復制以下鏈接

http://www.ehbio.com/Training/ 或

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